בית המדרש של ה"מגלה עמוקות" ר' נתן נטע שפירא בקרקוב נמצא בביתו של הגביר יקעלעס חותנו של ה"מגלה עמוקות" מתחילת המאה ה-17 ועד לשנת 1941
בית המדרש הפך במרוצת השנים לבית כנסת. בני משפחת בוסק התפללו ושימשו גבאים במשך דורות בבית המדרש
בית המדרש נהרס במהלך המלחמה ע"י הפולנים שהאמינו כי בקירותיו העבים הוסתרו אוצרות היהודים
ה"מגלה עמוקות" הוא בית הכנסת היחידי שנחרב בקרקוב בזמן המלחמה